नेपालमा राज्यको उत्पत्तिसँगै कुनै न कुनै रूपमा भन्सार प्रशासन अस्तित्वमा रहेको पाईन्छ। लिच्छवि कालमा विभिन्न स्थानमा रहेका द्रङ्गका शुल्क शालामा रहने शौल्किकले द्रङ्गबाट बाहिर पठाइने वा द्रङ्गभित्र ल्याउने मालवस्तुमा लाग्ने शुल्क निर्धारण गरी जाँचपास गर्ने व्यवस्था रहेको देखिन्छ। मल्लकालमा भन्सार उठाउन र अन्य सुरक्षाका निमित्त तिब्बतदेखि तराईसम्मका महत्वपूर्ण क्षेत्रहरूमा अनेक भन्सार चौकीहरू तथा सुरक्षा चौकीहरू पनि राखिएको देखिन्छ। पृथ्वी नारायण शाहले काठमाडौं उपयत्यकामाथि विजय प्राप्त गरेपछि पनि भन्सार महसुल असुल गर्ने पद्दति अमानत र इजारा (ठेक्का दिने) गरी दुई प्रकारको थियो। चन्द्र शम्शेरले नेपालमा भन्सार प्रशासनलाई संस्थागत गर्न तराईमा बजार अड्डाहरू र पहाडमा भन्सार स्थापना गरी सबैमा एउटै भन्सार दर लाग्ने व्यवस्था गरेका थिए। राणाकालमा पनि भन्सार ठेक्का प्रथाबाट असुल गरिन्थ्यो। प्रजातन्त्रको प्रादुर्भाव भएपछि वि.सं. २०१९ सालसम्मको अवधिमा नेपाल भारत र नेपाल चीनबीच व्यापार सन्धिहरू भए । यस अवधिमा दक्षिण र उत्तर सीमा नजिक पर्ने गरी भन्सार कार्यालयहरू स्थापना गरिएका थिए ।

वि.सं. २०१९ साललाई भन्सार सुधारको कोसे ढुङ्गाको रूपमा लिन सकिन्छ। यसै वर्ष भन्सार सम्बन्धी एकै प्रकारको कानूनी व्यवस्था गर्न भन्सार ऐन, २०१९ तथा वि.स. २०२६ सालमा नयाँ भन्सार नियमावली जारी गरियो। वि.स.२०२३ सालमा भन्सार विभागको स्थापना भयो।आ.व. २०३७/३८ देखि मालवस्तुको वर्गीकरणमा विश्व भन्सार सङ्गठनद्वारा प्रतिपादित सीसीसीएन प्रणाली र आ.व. २०४९/५० देखि हार्मोनाइज्ड प्रणाली प्रयोगको शुरुवात गरियो ।यसैगरी भन्सार ऐन २०१९ को संशोधन गरि कारोबार मूल्यलाई मान्यता प्रदान गर्ने कार्यको प्रारम्भ गरियो। नेपाल सरकारले अन्तरराष्ट्रिय स्तरमा गरेका प्रतिबद्धता पूरा गर्न र भन्सार प्रशासनलाई व्यवस्थित, पारदर्शी एवं उत्तरदायी बनाई अन्तरराष्ट्रिय व्यापारलाई सुरक्षित एवं सहज बनाउने उदेश्यकासाथ वि.सं. २०६४ सालमा नयाँ भन्सार ऐन तथा नियमावली जारी गरियो। यस ऐनले व्यापार सहजीकरणका विविध व्यवस्थाका अतिरिक्त विश्व व्यापार सङ्गठनको मूल्याङ्कन पद्दतिलाई पूर्ण रूपमा अङ्गीकार गरेको छ।

भन्सार प्रशासनले आफ्नो परम्परागत भूमिकालाई क्रमिक रूपमा परिवर्तन गर्दै अझ बढी दक्ष, पारदर्शी र सेवामुखी बनाउन थुप्रै प्रयासहरू गर्दे आएको छ।हाल भन्सार प्रशासनका मूलभूत कार्यहरुमा व्यापार सहजीकरण, यथार्थपरक राजस्व सङ्कलन, समाजको संरक्षण र सुरक्षा, स्वचालन प्रणाली विकास, सङ्गठनात्मक विकास र क्षमता अभिवृद्धि रहेका छन् । भन्सार प्रशासनले चरणवद्ध रुपमा भन्सार सुधार तथा आधुनिकीकरण योजना तर्जुमा तथा कार्यान्वयन मार्फत उत्तरदायी भन्सार प्रशासनको लक्ष्य उन्मुख रही कार्यक्रमहरु सञ्चालन गर्दे आएको छ । हाल भन्सार विभाग अन्तर्गत ४० ओटा मूल तथा १३३ ओटा छोटी भन्सार कार्यालयहरु रहेका छन् ।