नेपालको भन्सार प्रणालीको प्रारम्भिक इतिहास लिच्छवी कालदेखि देखिन्छ। त्यसबेला राजाहरूले मुख्य व्यापारिक मार्गमा भन्सार कार्यालयहरू स्थापना गरेका थिए। ती मार्गहरूमा कर संकलन गरिन्थ्यो। व्यापारिक वस्तुहरू ल्याउन र लैजान भन्सार शुल्क तिर्नुपर्ने व्यवस्था थियो। नेपालका विभिन्न राज्यहरूका आ-आफ्नै भन्सार नीति थिए र राजस्व संकलनको मुख्य स्रोत भन्सार शुल्क नै थियो।
मल्लकालमा भन्सारको महत्त्व झन् बढ्यो। काठमाडौ उपत्यकामा विभिन्न किसिमका व्यापार व्यवसाय सञ्चालनमा थिए। व्यापारमा संलग्न व्यापारीहरूले भन्सार शुल्क तिर्ने गरेका थिए,जसले मल्ल राजाहरूलाई समृद्ध बनाउन मद्दत पुर्यायो। शाह र राणाकालमा नेपालले विदेशी व्यापारसँगको सम्बन्धलाई नयाँ ढंगले अगाडि बढायो। यस कालमा भन्सार प्रणालीलाई व्यवस्थित गर्न थालियो र व्यापारिक नियमहरूलाई थप स्पष्ट बनाइयो। राणा शासनकालमा भारत, तिब्बत र अन्य देशहरूसँगको व्यापारलाई निरन्तरता दिँदै भन्सार राजस्वलाई राज्य सञ्चालनको प्रमुख आर्थिक स्रोत बनाइयो।
प्राचीन कालदेखि राजस्व सङ्कलनको प्रमुख उद्देश्य पूरा गर्न परम्परागत रुपले सञ्चालन हुँदै आएको भन्सार प्रशासनमा वि. सं. २००७ सालपछि संस्थागत विकास प्रारम्भ भयो। बिशेषतः सीमावर्ती क्षेत्रमा भन्सार कार्यालयहरुको स्थापना, नेपाल-भारत तथा नेपाल तिब्बत व्यापारलाई व्यवस्थित गर्नका लागि परम्परागत भन्सार प्रशासनमा सुधार, भन्सार कार्यालयहरुको स्थापना र व्यवस्थापन, कानूनी व्यवस्था, संस्थागत रुपमा महसुल निर्धारण लगायतका कार्यहरु प्रारम्भ हुन गयो।यसै सन्दर्भमा वि.सं. २०२३ सालमा अर्थ मन्त्रालय अन्तर्गत रहने गरी भन्सार विभागको स्थापना भएको हो।
वि. सं. २०४७ साल पछिको नेपालको भन्सार प्रशासन आधुनिकीकरणको दिशातर्फ अग्रसर हुँदै आएको छ। वि. सं. २०६४ मा परिवर्तित राजनीतिक परिस्थति अनुकूल हुने गरी भन्सार प्रशासनलाई अधिक व्यवस्थित, पारदर्शी र उत्तरदायी बनाई अन्तर्राष्ट्रिय व्यापारलाई सुरक्षित एवम् सहज बनाउन प्रचलित कानूनलाई परिमार्जित एवम् एकीकरण गर्ने उद्देश्यले भन्सार ऐन, २०१९ लाई खारेज गरी भन्सार ऐन, २०६४ जारी गरियो। यस ऐनले भन्सार प्रणालीलाई अधिक प्रभावकारी तुल्याउन आधुनिक प्रविधिको प्रयोगका साथै अन्तर्राष्ट्रिय भन्सार प्रणालीमा आएका नवीन प्रयोगहरुलाई समेत आत्मसात गर्दै आधुनिकीकरण र सुधार ल्याउने बाटो खोलेको थियो तथापि यसमा पनि थप सुधारको आवश्यकता महसुस गर्दै नयाँ भन्सार विधेयक तयार गरी संघीय संसदमा पेश भएको अवस्था छ।
नेपालको राजस्व प्रशासनको प्रमुख पक्षको रुपमा रहेको भन्सार प्रशासनमा समयसापेक्ष सुधार र आधुनिकीकरण गर्नुपर्ने आवश्यकता महसुस गरी आर्थिक वर्ष २०६०/६१ देखि चरणबद्ध रुपमा भन्सार सुधार र आधुनिकीकरणको कार्ययोजना तर्जुमा भै कार्यान्वयन भैरहेको छ। सोही क्रममा हाल छैठौँ चरणको भन्सार सुधार तथा आधुनिकीकरण योजना (२०७८/7९-२०८२/८३) २०७८ श्रावण १ गतेदेखि लागू भइ कार्यान्वयनमा रहेको छ।
भन्सार प्रशासनले देशको कर राजस्वको करिव ५० प्रतिशत र समग्र राजस्वको करिव ४४ प्रतिशत संकलन गर्दछ। वैदेशिक व्यापारलाई सहजीकरण गर्दै देश, समाज तथा मानव स्वास्थ्यमा हानी पुर्याउने मालवस्तुको ओसारप्रसारलाई नियन्त्रण गर्ने, देशमा भित्रिने तथा बाहिरिने यात्रुहरुको सहज आवागमनको व्यवस्थापन गर्ने, सीमामा अवैध क्रियाकलाप हुन नदिने, समन्वयात्मक सीमा व्यवस्थापनको अवधारणा बमोजिम सीमामा अवस्थित विभिन्न सरोकारवाला निकायहरुसँग समन्वय गर्ने, आपुर्ति श्रृङ्खलामा आवद्ध निकायहरुसँग समन्वय गरी वैदेशिक व्यापारको सहजीकरण गर्ने लगायतका कार्यहरु भन्सार प्रशासनले गर्दै आएको छ।
नेपालको भन्सार प्रशासनले समयानुकूल आधुनिकीकरण तर्फ लैजान आशिकुडा प्रणाली, राष्ट्रिय एकद्वार प्रणाली जस्ता विभिन्न स्वचालित प्रणालीहरुको विकास गरी कार्यान्वयन गर्दै आएको छ भने जाँचपास प्रक्रियालार्इ सहजीकरण गर्न कार्यविधिहरुमा सुधार गर्ने, समयानुकूल अध्ययन गर्दै भन्सारमा पेश गर्नु पर्ने कागजातहरुको संख्या घटाउने, व्यापार सहजीकरणका लागि विद्युतीय भुक्तानी प्रणाली कार्यान्वयन जस्ता विशिष्टकृत कार्यहरु गर्दै आएको छ। भन्सार प्रशासनले अन्तर्राष्ट्रिय सन्धि सम्झौता तथा प्रतिवद्धता कार्यान्वयन गर्दै लैजान योजनावद्ध रुपमा विभिन्न क्रियाकलापहरु कार्यान्वयन गर्दै आएको छ।
